Puskesmas Wonokerto II merupakan Puskesmas Rawat Inap yang berada di wilayah Pemerintah Kabupaten Pekalongan secara resmi berdiri pada 2 Januari 2014. Puskesmas Wonokerto II beralamat di Jalan Raya Werdi Kecamatan Wonokerto Kabupaten Pekalongan dengan luas wilayah kerja sekitar 3,18 KM² yang terdiri dari 3 desa yaitu Desa Werdi, Desa Rowoyoso, dan Desa Semut.

Wilayah kerja Puskesmas Wonokerto II sebagian besar adalah dataran rendah dan tidak ada dataran tinggi dengan batas-batas wilayah sebagai berikut :
1. Sebelah Utara berbatasan laut jawa
2. Sebelah Timur berbatasan dengan Kecamatan Wiradesa
3. Sebelah Selatan berbatasan dengan Kecamatan Wiradesa
4. Sebelah Barat berbatasan dengan Kecamatan Siwalan.